Vid tillämpningen av patentlagstiftningen görs ofta en åtskillnad mellan så kallade produktpatent, metodpatent och användningspatent. Denna åtskillnad märks framförallt av i samband med patent på kemiska föreningar som t.ex. läkemedel, samt inom bioteknikbranschen.
Produktpatent
Det faktum att produktpatent förekommer ansågs länge något kontroversiellt. Detta med anledning av att produktpatent typiskt sett utgörs av kemiska föreningar som faktiskt existerar i naturen. En huvudregel inom patenträtten är att rena upptäckter inte kan patenteras och föremålen för produktpatent ter sig emellanåt mer som upptäckter än uppfinningar. Det medför ofta många fördelar att beviljas ett produktpatent, framför de andra sorternas patent. Ett produktpatent är nämligen mycket bredare till sin natur; det täcker ett större område då det är hela produkten som skyddas och inte bara exempelvis en användningsmetod. Ofta tenderar därför metodpatent och användningspatent att hamna i beroendeställning till ett sedan tidigare existerande produktpatent. Om man uppfunnit en ny metod för att framställa ett sedan tidigare existerande ämne, som skyddas av ett produktpatent, så är det uppenbart att man vid utövandet av metoden riskerar att göra intrång på produktpatentet. Detsamma gäller för det fall att man uppfunnit ett nytt användningsområde för ett redan patentskyddat ämne. Ett sätt att lösa en sådan situation är att ingå ett licensavtal. Det finns även vissa möjligheter att beviljas en tvångslicens, ifall innehavaren av produktpatentet inte går med på att bevilja en licens på frivillig väg.
Metodpatent
Ett metodpatent består, som kanske hörs på namnet, i allmänhet av ett sätt att framställa exempelvis ett läkemedel. Det rör sig alltså om en metod för att framställa något. Det spelar ingen roll huruvida ämnet/saken som framställs med hjälp av metoden är känd sedan tidigare, utan det viktiga för möjligheten att beviljas ett metodpatent är att metoden utgör en ny uppfinning. Ibland hör man även termen förfarandepatent; detta begrepp är som huvudregel synonymt med metodpatent. Emellanåt kan gränsen mellan produktpatent och metodpatent vara något oklar. För det fall man beviljats ett metodpatent för framställning av ett visst ämne och det inte finns något annat sätt att framställa detta ämne, så har metodpatentet i princip samma rättsverkningar som ett produktpatent. Ingen annan har då möjlighet att framställa ämnet utan att göra intrång på metodpatentet. Skulle någon annan uppfinna ett nytt sätt att framställa ämnet kan dock det ursprungliga metodpatentet inte hindra detta. Det kan även nämnas att det kan vara mycket svårt att bevisa att någon gjort intrång i ett metodpatent, speciellt ifall det finns flera sätt att framställa ett visst ämne. Ofta är det svårt, eller rentav omöjligt, att utifrån det framställda ämnet fastslå vilken framställningsmetod som använts för att få fram ämnet.
Användningspatent
Det är inte heller särskilt svårt att förstå vad ett användningspatent består av; det rör sig typiskt sett om att man uppfunnit ett nytt användningsområde för ett sedan tidigare känt ämne. Exempelvis; ämne X har ursprungligen använts för att ta bort fläckar på tvätt, men någon kommer på att X även kan användas för att framkalla foton. Det kan i denna situation vara möjligt att beviljas ett användningspatent för det nya användningsområdet.