Att bedriva sin näringsverksamhet i handelsbolagsform kan i många fall vara praktiskt, särskilt om man är flera personer men samtidigt inte har kapitalet att starta ett aktiebolag. De skatterättsliga reglerna kring handelsbolaget är dock inte alltid enkla, varför det nedan ska ges en grundläggande beskrivning av hur beskattningen av bolagets intäkter går till och vad som gäller om man säljer en andel i ett handelsbolag.
Man skulle kunna tro att handelsbolagets ställning som juridisk person gör att de skatterättsliga reglerna liknar de som gäller för exempelvis aktiebolag och att bolagsskatten därför var densamma. Så är dock inte fallet istället beskattas varje delägare i ett handelsbolag för de inkomster bolaget har. Handelsbolaget är alltså inte ett eget skattesubjekt, även om det är bolagets resultat som självklart ligger till grund för beskattningen av delägarna. Bolagets totala resultat räknas därför ihop i sin helhet innan delägarna beskattas, beroende på hur stor del de får från bolaget. Många avdrag görs dock redan i bolaget. Detta får till resultat att delägarna kan beskattas i olika inkomstslag, beroende på vilken verksamhet bolaget bedriver. Är det en annan juridisk person som äger en del av handelsbolaget kommer denna alltid att betala skatt i inkomstslaget näringsverksamhet för de intäkter handelsbolaget ger den, eftersom alla inkomster hos juridiska personer ska tas upp i inkomstslaget näringsverksamhet.
En delägare i ett handelsbolag kan förstås också vara anställd i detta, men vad gäller hans skattesituation kommer anställningen inte att medföra någon skillnad. Han kan inte välja att få lön från handelsbolaget som beskattas som en tjänsteinkomst, utan även sådan ersättning kommer att beskattas på samma sätt som de medel han får genom bolagets resultat. I regel hänförs dessa inkomster förstås till inkomstslaget näringsverksamhet. Som delägare bör man vidare notera att det för ens skattskyldighet inte spelar någon roll om man tar ut pengarna eller låter dem vara kvar i bolaget. Man kommer ändå att behöva betala skatt för dessa medel, även om det numera är möjligt att använda expansionsfondsreglerna även för handelsbolagsdelägare.
När man säljer en andel i ett handelsbolag kommer detta att medföra antingen en vinst eller förlust i inkomstslaget kapital. Själva principen för beskattningen liknar de som gäller om man exempelvis säljer en aktie - man beskattas för skillnaden mellan sina anskaffnings- och förbättringskostnader och vad man fick vid försäljningen. Man brukar dock vid försäljning av handelsbolagsandelar tala om JAU justerad anskaffningsutgift. Denna term innebär att en mängd olika händelser under ägandet påverkar vilket anskaffningsvärde man får tillgodogöra sig. Exempelvis ska pengar som tagits ur företaget dras av från anskaffningsutgiften och även avdrag som en delägare har gjort för underskott i bolaget dras av. På motsvarande sätt kommer pengar som den säljande delägaren har stoppat in i bolaget att läggas till anskaffningsutgiften. En ytterligare regel som är värd att komma ihåg är att om ens justerade anskaffningsutgift blir negativ, kommer den ersättning man får vid försäljningen att ökas med ett belopp som motsvarar JAU-värdet.
Ett par särskilda regler finns också för fallet att man säljer en andel i ett handelsbolag. Lagstiftaren har nämligen velat stoppa sådana fall där en fysisk person som är aktiv i bolaget säljer en handelsbolagsandel med vinst till en fysisk person som inte är obegränsat skattskyldig. Tidigare har detta varit möjligt, vilket ledde till att inkomster som egentligen skulle ha beskattas som inkomst från näringsverksamhet kunde överföras så att de beskattades som kapitalvinster. Numera kommer därför ett sådant här förfarande leda till att säljaren kommer att få ta upp lika mycket som sin kapitalvinst som inkomst från aktiv näringsverksamhet. Man kan dock som överlåtare undvika detta genom att avtala med köparen att denne ska ta upp inkomsten istället och upprätta ett särskilt bokslut för detta.