Europeiska kommissionen är en av unionens politiska institutioner och består av ett antal ledamöter, så kallade kommissionärer. Antalet kommissionärer justeras i förhållande till medlemsantalet; för närvarande finns det således 27 stycken. Kommissionärerna spelar en mycket viktig roll för kommissionens arbete. De leds av en ordförande och är inte bundna till sina medlemsländer. De har en skyldighet att ha unionens bästa för ögonen. Ordföranden, som för närvarande är José Manuel Barroso, har ansvar för att ange riktlinjer för kommissionens arbete och besluta om kommissionens interna organisation på ett sådant sätt att det råder samstämmighet i kommissionens arbete och att den arbetar effektivt som ett kollegialt organ.
Bland kommissionens huvudsakliga arbetsuppgifter finner vi att den skall främja unionens allmänna intresse och ta lämpliga initiativ i detta syfte. Den skall säkerställa tillämpningen av fördragen och av de åtgärder som institutionerna antar i enlighet med fördragen. Den skall vidare övervaka tillämpningen av unionsrätten under kontroll av EU-domstolen. Den skall genomföra budgeten och förvalta program. Den skall också samordna, verkställa och förvalta i enlighet med de villkor som fastställs i fördragen. Dessa utgör endast en del av kommissionens arbete och dessa arbetsuppgifter uppfyller man inom ramen för olika ämnesområden. Ämnesområdena tas om hand på olika avdelningar inom kommissionen, så kallade generaldirektorat.
De olika generaldirektoraten delas in i fyra grupper. Dessa grupper är politikområden, yttre förbindelser, allmänna avdelningen och interna avdelningen. Bland generaldirektoraten i politikområdena finner vi generaldirektoratet för jordbruk och landsbygdsutveckling, generaldirektoratet för konkurrens, generaldirektoratet för utbildning och kultur, generaldirektoratet för fiske och havsfrågor och generaldirektoratet för inre marknaden och tjänster. Genom att se vilka generaldirektorat som finns, kan vi få en ganska god bild av vad unionen prioriterar. Området för yttre förbindelser sköter, såsom namnet antyder, de angelägenheter som har med omvärlden att göra. Exempel på generaldirektorat här är generaldirektoratet för utvidgning där det finns en enhet för varje kandidatland, generaldirektoratet för humanitärt bistånd och generaldirektoratet för handel. I den allmänna avdelningen finner vi bland annat generaldirektoratet för kommunikation och Europeiska byrån för bedrägeribekämpning. I den interna avdelningen finns främst direktorat för angelägenheter inom organisationen; bland annat finner vi här generaldirektoratet för översättning.
Varje kommissionär har ansvar för ett eller flera ämnesområden/generaldirektorat. Normalt bör varje kommissionär ha hand om ett ämnesområde, men eftersom antalet ämnesområden överstiger antalet kommissionärer så får vissa kommissionärer åta sig ansvaret för flera. Vilket ämnesområde som kommissionären skall ansvara för bestäms av kommissionens ordförande. Generaldirektoraten spelar en stor roll i kommissionens arbete, eftersom det är där som lagförslagen utarbetas. Själva förarbetet till lagförslagen sköts alltså av berört generaldirektorat och kommissionen i dess helhet antar eller förkastar det förslag som direktoratet har jobbat fram. Det är först när kommissionen antar direktoratets förslag som det blir ett lagförslag i officiell mening.