Punktskatter på tobak motiveras främst av folkhälsoskäl och återfinns i olika former i de flesta europeiska länder. EU-samarbetet har medfört stora förändringar av medlemsstaternas tobaksskattesystem genom att tobaksskatten numera är en harmoniserad (samordnad) punktskatt som omfattas av gemensamma europeiska förfaranderegler inom det som utgör EU:s punktskatteområde. Bland de olika tobaksformerna är det dock bara skatterna på cigaretter, cigarrer, cigariller och röktobak som är harmoniserade. Tuggtobak och snus hanteras därför fortfarande enligt Sveriges egna regler. Bakgrunden till att dessa två varor inte omfattas av de gemensamma EU-reglerna är att det är förbjudet att sälja snus inom EU, ett förbud som Sverige hittills har varit undantaget från.
För att säkerställa en enhetlig tillämpning av reglerna har man inom EU-samarbetet tagit fram gemensamma definitioner och klassificeringar av de olika produkterna genom ett system med särskilda nummer (KN-nummer, där KN står för kombinerade nomenklaturen). Exempelvis använder man en definition av cigaretter som varor bestående av rullar av tobak som går att röka som de är, eller som kan rökas efter att tobaksrullarna förts in i cigarettpappersrör eller cigarettpapper. För att undvika kringgående av reglerna behandlas cigaretter som (exkl. filter) är längre än 8 cm som två cigaretter vid framräkningen av tobaksskatten, och sådana som är längre än 11 cm behandlas som tre stycken, osv.
Även om tobaksskatten är harmoniserad inom EU har inte medlemsstaterna exakt lika hög tobaksskatt utan skattsatserna kan skilja sig åt mellan länderna. De gemensamma reglerna kräver nämligen bara att skatten ska uppgå till en viss miniminivå. Svensk tobaksskatt ska betalas när tobaksprodukter framställs i Sverige eller när varorna importeras till Sverige från tredje land, dvs. ett land utanför EU. Svensk tobaksskatt ska också betalas när varorna förs in i Sverige via ett annat EU-land och upphör att omfattas av det europeiska systemet med uppskov för punktbeskattning (dvs. i princip när varorna släpps på marknaden). Mer information om det viktiga uppskovsförfarandet finns i artikeln Uppskov med punktbeskattning vid handel inom EU. Skattskyldig, dvs. ansvarig för att skatten inbetalas, är oftast den person som för ut varorna på marknaden, vanligtvis säljaren.
Ett praktiskt viktigt undantag för privatpersoner som köper tobaksprodukter i andra EU-länder är att tobaksskatt inte behöver betalas för tobak som förs in i Sverige från andra länder inom EU om varorna är avsedda för eget bruk och vissa ytterligare förutsättningar är för handen. Sådan skattefri privatinförsel behandlas i artikeln Punktskatter vid privatinförsel av alkohol och tobak. Det ska dock påpekas att särskilda regler gällde för privatinförsel av tobaksvaror från östeuropeiska länder (Bulgarien, Lettland, Litauen, Polen, Rumänien, Slovakien, Slovenien, Ungern, Estland och Tjeckien) under en övergångsperiod, som dock upphörde senast 31 december 2009.
Beräkningen av tobaksskatten görs enligt särskilda metoder beroende på vilken av ovanstående produkter det är fråga om. Skattsatserna justeras relativt ofta och för information om aktuella nivåer hänvisas till uppdaterad lagtext eller information från Skatteverket eller Tullverket. Som exempel kan nämnas att skatten för cigaretter idag (2012) är 1,40 kr/st plus 1 % av detaljhandelspriset. Detaljhandelspriset fastställs av tillverkaren eller importören av cigaretterna och är det högsta priset som cigaretterna får säljas för i butik, dvs. inklusive alla skatter och avgifter. Det kan tilläggas att detaljhandelspriset ska framgå genom tryckt uppgift på paketet och att det är brottsligt att sälja cigaretter i paket utan dessa uppgifter.
För cigarrer/cigariller, röktobak, snus och tuggtobak beräknas tobaksskatten på ett enklare sätt, genom att den aktuella skattesatsen multipliceras med antingen antalet enskilda varor eller antalet kilo tobak det är fråga om.