Det kommunala självstyret medför att kommunens interna organisation till viss del påminner om hur statsapparaten är uppbyggd, med valda församlingar, nämnder, utskott, granskande organ och offentliga bolag. Inom självstyrets gränser kan kommunerna i ganska hög grad forma kommunen efter egna politiska beslut, och det politiska styret i landets 290 kommuner varierar stort och präglas ofta av andra maktbalanser och grupperingar än i riksdagen. En gemensam stomme av formella krav på hur kommunen ska vara organiserad och vilka organ som ska finnas uppställs dock i lag. De organ som måste finnas är:
Kommunfullmäktige,
Kommunala nämnder, inklusive kommunstyrelsen,
Kommunrevisionen.
Dessa kompletteras ofta av ett stort antal övriga kommunala organ inrättade på frivillig basis, t.ex. utskott och beredningar till fullmäktige och nämnder, kommunala företag, självförvaltningsorgan och interkommunala samverkansorgan. I det följande behandlas de tre obligatoriska organen.
Först och främst måste det i varje kommun finnas en proportionellt vald, beslutande församling i form av kommunfullmäktige. Val till kommunfullmäktige sker i samband med allmänna val vart fjärde år och fullmäktigeledamöterna och deras ersättare väljs bland kommunmedlemmarna. Kommunfullmäktige tar de viktigaste kommunala besluten om t.ex. budgetmål, översiktsplan, kommunalskattesats, kommunala valärenden och inrättande av kommunala nämnder, m.m. och huvudregeln är att sammanträdena är offentliga så att kommunmedlemmar och andra kan komma och lyssna på debatterna. Kommunfullmäktiges arbetsformer kan regleras i detalj i en arbetsordning, som föreskriver hur ofta sammanträden ska hållas, antalet ledamöter och hur ärenden ska hanteras.
Det mesta av den löpande förvaltningen av kommunens verksamheter inom t.ex. vård, skola, omsorg, service m.m. sköts dock inte av fullmäktige, utan av kommunala nämnder. Till skillnad från fullmäktiges sammanträden, så är nämndens möten som huvudregel inte offentliga, om det inte finns ett särskilt beslut om motsatsen.
Nämnderna inrättas och namnges av kommunfullmäktige, efter vad som är lämpligt i den aktuella kommunen utifrån dess specifika förutsättningar. I större kommuner finns ofta flera skol- och utbildningsnämnder för grund- och gymnasieskolan och för i olika kommundelar, medan mindre kommuner ofta nöjer sig med en nämnd för ändamålet. Nämnder kan även ha flera verksamhetsområden eller inrättas i samverkan med andra kommuner, genom en så kallad gemensam nämnd.
Även om den praktiska nämndsorganisationen alltså är upp till varje kommun, så måste vissa typer av nämnder finnas i en kommun. Viktigast av de obligatoriska nämnderna är kommunstyrelsen. Om fullmäktige är kommunens riksdag, så är kommunstyrelsen regeringen. Till skillnad från regeringen, som i regel endast utgörs av representanter för majoriteten, så tillsätts kommunstyrelsen proportionellt. Andra obligatoriska nämnder är valnämnden och i vissa fall överförmyndarnämnden. För kriser och nödsituationer ska också en krisledningsnämnd finnas, men av praktiska skäl ges ofta kommunstyrelsen denna roll. Någon nämnd måste också ansvara för de arbetsuppgifter som i lag åläggs en socialnämnd, t.ex. handläggning av försörjningsstöd och beslut om tvångsomhändertaganden.
Kommunrevisionens uppgift är att granska hur kommunens arbete bedrivs och hur pengarna används. Minst fem revisorer tillsätts av den nyvalda fullmäktigeförsamlingen för de följande fyra åren. Revisorerna fokuserar på nämndernas och de kommunala företagens verksamhet och granskar räkenskaper, interna kontrollsystem och uppnådd kvalitet i förhållande till beslutande mål. Granskningen innebär alltså att man genom förvaltnings- och redovisningsrevision undersöker om de ekonomiska resurserna används på ett effektivt och ändamålsenligt sätt. En särskild uppgift för revisionen är att kontrollera så att avgöranden från förvaltningsdomstolarna efterlevs och verkställs i kommunen.
Om brister upptäcks ska dessa rapporteras till den ansvariga nämnden, så att denna själv kan vidta lämpliga åtgärder. Om revisorernas rapport inte beaktas av nämnden ska revisorerna anmäla detta till fullmäktige. Revisorerna ska i sitt arbete iaktta det som kallas god revisionssed och arbeta självständigt från de kommunala organen för att möjliggöra en objektiv granskning av verksamheten.