Skattereglernas många gånger tekniska karaktär medför att frågor om preskription och brottskonkurrens måste hanteras på ett sätt som på vissa punkter avviker från den övriga straffrätten. Det är exempelvis inte alltid självklart när preskriptionstiden börjar löpa och vilka ageranden som ska behandlas som ett brott, och vilka som ska behandlas som flera olika brott.
Huvudregeln är att de olika skattebrotten preskriberas 5 år efter att brottet begicks. Rent allmänt är preskriptionstiden något längre för skattebrotten än för andra brott med motsvarande straffskala, vilket hänger ihop med att det typiskt sett kan ta en viss tid för ekonomisk brottslighet att uppdagas genom samhällets kontrollsystem. För grovt skattebrott gäller dock en längre preskriptionstid på 10 år.
Preskriptionstiden bryts genom att den misstänkte häktas, åtalas eller delges skälig misstanke under förundersökningen. För skattebrott av normalgraden och grovt skattebrott finns dock en möjlighet för åklagare att ansöka hos tingsrätten om en förlängning av preskriptionstiden, med 5 år som den yttersta gränsen. En sådan förlängning får dock bara beslutas om tidigare försök att delge personen stämning har misslyckats på grund av att personen gömmer sig på hemlig ort eller stadigvarande vistas utomlands.
För att bestämma när ett skattebrott preskriberas måste man först bestämma när brottet skall anses begånget och när preskriptionstiden därmed ska börja löpa. Den avgörande tiden är när faran uppkommer, d.v.s. när det uppkommer en konkret fara för att skatt undandras det allmänna.
Denna tidpunkt bestäms dock på olika sätt, beroende på om brottet är ett aktivt eller passivt skattebrott. Skattebrott kan nämligen begås genom både aktiva och passiva handlingar. Aktiva handlingar innebär att personen lämnar en oriktig uppgift i deklaration, vid revision eller vid andra kontakter med Skatteverket. Sådana gärningar ansetts ha fullbordats då uppgifterna har inkommit till myndigheten. För att ansvar ska kunna utkrävas för passiva handlingar krävs att det finns en skyldighet att agera i lag eller förordning, men att personen ignorerar detta. En passiv handling är exempelvis att strunta i att lämna in kontrolluppgift eller självdeklaration eller att inte momsregistrera sitt företag trots att detta föreskrivs. I ett sådant fall anses gärningen ha begåtts sista dagen då inlämning av blanketten är möjlig.
För bokföringsbrottet försvårande av skattekontroll kan det vara svårt att fastställa något datum då preskriptionstiden inleds, eftersom bokföringen inte ska lämnas in, samtidigt som det kan vara omöjligt att säga när räkenskaperna började vanskötas. Därför utgår man från det datum då Skatteverket beslutade att inleda en revision mot den som misstänks för bokföringsbrottet.
I komplicerade skattemål kan det vara fråga om många oriktiga uppgifter, förfalskade fakturor, obefintliga räkenskaper och andra oklarheter fördelade på flera beskattningsår efter varandra. I sådana fall måste åklagaren ta ställning till svåra frågor om brottskonkurrens, d.v.s. avgöra hur många brott som har begåtts, och till vilken period de olika brotten hänför sig. Utredningen avgör hur åtalet läggs upp och kan få stor betydelse för frågan om bedömningen av brottets svårhetsgrad, d.v.s. om det är grovt, av normalgraden eller ringa, och därmed straffet.
Huvudregeln är att man ser till taxeringsårets slutenhet. Det innebär att alla oriktiga eller utelämnade uppgifter i en och samma deklaration för ett taxeringsår utgör ett enda brott, och därmed en åtalspunkt. I vissa fall görs dock ännu en uppdelning i olika skatteslag (moms, A-skatt, F-skatt, egenavgifter etc.) inom deklarationen. Att man ser till varje taxeringsår för sig innebär att man kan räkna ut brottets totala ekonomiska effekt för just det året. Beloppet kan sedan jämföras med olika riktvärden för att man ska kunna göra en bedömning av hur grovt brottet är.