Eftersom Skatteverket varje år hanterar en mycket stor mängd beskattningsärenden finns det ingen möjlighet att i detalj granska exempelvis alla deklarationer, kontrolluppgifter och skatteinbetalningar. En viktig del i skatterevisionen är därför särskild granskning av enskilda ärenden för att säkerställa att korrekt skatt bestäms och för att bekämpa ekonomisk brottslighet. Exempelvis kan en särskild granskning göras av aktörer i en viss bransch som man misstänker är överrepresenterad i fråga om t.ex. svartjobb eller falska fakturor, eller så kan man granska avdrag som avviker mycket från vissa riktvärden.
Skatteverket väljer själv vilka ärenden som ska granskas och kan utgå från egna riskanalyser i urvalet. Omfattande automatiska kontroller hjälper till att gallra ut tvivelaktiga uppgifter, exempelvis genom att göra avstämningar mellan deklarations- och skatteregistren. Om Skatteverket vid en särskild granskning av ett ärende har anmärkningar eller finner oriktiga eller ofullständiga uppgifter kan flera olika konsekvenser bli aktuella för personen som ansvarar för de inlämnade uppgifterna. Exempelvis kan det bli fråga om:
Skönsbeskattning i samband med Skatteverkets ordinarie taxering
Efterbeskattning (upptaxering) i samband med Skatteverkets omprövning
Debitering av skattetillägg om 20 eller 40 % av den undanhållna skatten
Överlämnande av ärendet till åklagare som tar ställning till ett eventuellt åtal för skattebrott
Skönsbeskattning aktualiseras om en person underlåter att lämna in deklaration eller lämnar in en ofullständig eller oklar sådan, och innebär att Skatteverket i brist på tillförlitliga uppgifter istället gör en skälig uppskattning av den skattskyldiges inkomster. Efterbeskattning eller upptaxering innebär att Skatteverket korrigerar den beskattningsbara inkomsten genom att exempelvis underkänna ett yrkat avdrag eller ta med en tidigare utelämnad inkomst i deklarationen. Skönsbeskattning och efterbeskattning kan kombineras med skattetillägg, som är en administrativ straffavgift inom skattesystemet.
Det är viktigt att påpeka att vi i de tre första fallen fortfarande befinner oss i ett förvaltningsförfarande hos Skatteverket eller förvaltningsdomstol och att frågor om misstänkta skattebrott istället ska lämnas över till åklagare för att ärendet ska kunna hanteras som ett brottmål. I verkligheten är det dock mycket svårt att upprätthålla denna strikta uppdelning mellan förvaltnings- och brottmålsförfaranden, av främst tre orsaker.
För det första är uppgiftsfördelningen mellan myndigheterna problematisk. Ett och samma mål kan komma att hanteras parallellt i två olika instanser, som därför kan behöva avvakta varandras beslut. En brottmålsprocess som gäller skattebrott ska dock bara vilandeförklaras i tingsrätten om Skatteverkets eller förvaltningsdomstolens beslut i skattefrågan är av avgörande betydelse för prövningen.
För det andra är skattelagstiftningen dessutom i många delar teknisk och kan kräva expertkunskap för att tillämpas i tingsrätten. Det är också svårt för en skattehandläggare att på grundval av inkomstuppgifter och liknande kunna ta ställning till om det finns någon misstanke om skattebrott i ett visst ärende. Därför har flera skattekontor egna skattebrottsenheter samtidigt som Skatteverket samarbetar med Ekobrottsyndigheten för att möjliggöra utredning och lagföring av personer och ligor som ägnar sig åt mer storskalig ekonomisk brottslighet. Finner åklagaren att åtal bör väckas görs detta vid tingsrätten.
För det tredje är det svårt att särskilja förvaltningsförfarandet och brottsmålsförfarandet i fråga om skattetillägget, som i Sverige inte klassificeras som ett straff utan som en administrativ avgift. Att det svenska systemet ser ut som det gör innebär att skattetillägg och åtal för skattebrott har kunnat aktualiseras för t.ex. en och samma oriktiga uppgift. Idag råder viss oklarhet kring om detta system är förenligt med Europakonventionens förbud mot att dömas två gånger för samma gärning. Europadomstolen har nämligen underkänt vissa europeiska system med administrativa sanktionsavgifter och ansett att de egentligen ska klassas som straff och därför behandlas inom ramen för ett brottmålsförfarande. På den här punkten är det svenska rättsläget med andra ord lite oklart.