Det polisiära och straffrättsliga samarbetet inom Europeiska unionen utgjorde dess tredje pelare. Till ganska nyligen var unionens uppbyggnad baserad på en pelarstruktur, där tre stycken pelare utgjorde unionssamarbetets fundament. Numera är denna pelarstruktur avskaffad; istället talar man om unionen i dess helhet och till exempel inte om Europeiska gemenskapen. Pelarstrukturen avskaffades den 1 december 2009, i samband med att Lissabonfördraget trädde ikraft. Tidigare så var det pelarna som var behöriga att sluta avtal på unionens vägnar, ta lån etc. Varje pelare inom unionen var en juridisk person, men unionen i sin helhet saknade denna kapacitet. Att vara juridisk person innebar i sammanhanget att det var pelarna som kunde stå som avtalsparter och inte unionen i dess samlade form. Detta medförde i sin tur att det blev krångligt att urskilja pelarna från unionen i dess helhet. En sammanblandning mellan EG och EU torde därför ha varit vanlig. Numera är alltså Europeiska unionen en egen juridisk person och behörig att vara part i exempelvis internationella avtal.
För att kort beröra strukturen på pelarna kan man säga att det görs en åtskillnad mellan överstatligt samarbete och mellanstatligt samarbete. Den enda pelaren som hade överstatlig karaktär var Europeiska gemenskapen. Detta innebar att beslut kunde tas även om att alla medlemsstater inte var överens. Beslutet skulle komma att påverka dem ändå. När det som i det polisära och straffrättsliga samarbetet handlade om mellanstatligt samarbete, hade medlemsstaterna större makt. Det krävdes enhällighet för att denna pelare skulle fatta beslut. Om ett land motsatte sig ett visst förslag, kunde det alltså med sin vetorätt hindra att beslutet antogs.
Pelaren för det polisiära och straffrättsliga samarbetet hade till syfte att bekämpa och motverka en internationell brottslighet, som ofta var välorganiserad och invecklad. Detta hoppades man uppnå genom att lättare utbyta information och kunskap mellan länderna. Till denna pelare hade man ett flertal myndigheter, inom vilka det polisära och straffrättsliga samarbetet sköttes i praktiken. Som exempel kan nämnas Europol, som är den Europeiska polisbyrån. Vidare fanns också Eurojust den Europeiska enheten för rättsligt samarbete i Haag, Nederländerna. Inom denna pelare hittade man också en europeisk polisakademi. Akademin fungerar som ett slags nätverk för erfarna poliser och grundades år 2005.
De ändringar som Lissabonfördraget har medfört innebär bland annat att kravet på enhällighet numera har slopats. Istället kommer besluten i framtiden att fattas med kvalificerad majoritet. Tidigare var det så att ministerrådet i Europeiska unionen var den institution som tog enhälliga beslut om pelarnas gemensamma förhållningssätt, om eventuella rekommendationer till medlemsstaterna, gemensamma lagar etc. I regel krävdes också att ministerrådet rådfrågade Europaparlamentet innan ett beslut togs. Vidare hade Europaparlamentet till uppgift att rapportera de framsteg som gjordes inom detta samarbete. Tanken med dessa beslut och rapporter var att ge medlemsländerna ett verktyg för att kunna hålla en enhetlig linje internationellt.