Taxeringsförfarandet administreras av Skatteverket. Generellt kan man säga att taxering sker vart sjätte år genom allmänt taxeringsförfarande. Småhus, hyreshus, ägarlägenheter och lantbruksenheter taxeras dock vart tredje år, varannan gång genom ett allmänt taxeringsförfarande och varannan gång genom ett förenklat taxeringsförfarande. Olika sorters taxeringsenheter taxeras med andra ord olika år i ett rullande schema. Skatteverket kan dock besluta att vissa år ersätta allmänna taxeringar med den förenklade formen.
Eftersom den mer omfattande taxeringsformen sker vart sjätte år kan det hända att stegringar i marknadsvärde inte får genomslag på taxeringsvärdet förrän ett antal år senare. I vissa fall undviks eftersläpningen av en så kallad särskild fastighetstaxering, som kan ske mellan de ordinarie taxeringarna om det finns någon särskild anledning som har utlöst behovet av en nytaxering.
För att särskild fastighetstaxering ska komma ifråga krävs en nytaxeringsgrund. Det finns fyra typfall som utgör nytaxeringsgrunder:
1. Rättslig förändring hos fastigheten
2. Om eller tillbyggnad som höjer fastighetens värde
3. Myndighetsbeslut påverkar fastighetens värde
4. Miljöförändringar påverkar fastighetens värde
En nytaxeringsgrund föreligger för det första om fastigheten har genomgått en rättslig förändring eller omklassificering genom avstyckning, klyvning eller liknande förfarande genom Lantmäteriets försorg. I det här fallet är det först och främst indelningen i taxeringsenheter som behöver ses över. Om t.ex. ett bostadshus (småhusenhet) omvandlas till ett hyreshus sker en rättslig omklassifiering, som medför att både taxeringsenheter och taxeringsvärde påverkas.
För det andra ska nytaxering ske vid om eller tillbyggnader som väsentligt höjer byggnadsvärdet, exempelvis genom att boytan utökas, eftersom detta påverkar taxeringsvärdet. Här finns dock vissa värdegränser, exempelvis bör ett småhus ha stigit i värde med 100 000 kr för att en ny taxering ska göras. Slutligen kan även kommunala beslut om stadsplaner och översiktsplaner för området där fastigheten är belägen också medföra sådana värdeförändringar som kan motivera en nytaxering, likaså lokal miljöförstöring.
Nytaxeringsgrunderna behöver inte anmälas, eftersom Skatteverket får informationen genom andra myndigheter. Exempelvis får Skatteverket besked om beviljade bygglov av kommunerna för att kunna utreda ett eventuellt behov av nytaxering på grund av en ombyggnation. Om Skatteverket behöver särskild information om fastigheten inför en taxering kan myndigheten skicka ut en blankett om fastighetsdeklaration till den taxerade ägaren. Oftast har dock Skatteverket och Lantmäteriet tillräcklig information för att direkt kunna skicka ut ett förslag till fastighetstaxering med förtryckta uppgifter.
Skatteverkets beslut om fastighetstaxering, omprövning, avvisningsbeslut och beslut om taxeringsåtgärder efter domstols beslut kan överklagas. Detta är främst aktuellt om fastighetsägaren anser att taxeringsvärdet har satts för högt. En för hög taxering leder till att den statliga fastighetsskatten eller den kommunala fastighetsavgiften blir högre än den annars hade varit. Istället för överklagande kan man som enskild välja att begära omprövning direkt av Skatteverket, för att t.ex. kunna korrigera felaktig information.
Rätten att överklaga tillkommer fastighetsägaren. Om fastigheten ägs av flera personer har alla denna rätt, oberoende av varandra. Ett nytt beslut kommer dock att gälla likvärdigt för samtliga ägare. I samband med att fastigheten byter ägare överlappar dock den tidigare ägarens och den nye ägarens rätt att överklaga varandra under en period. Vidare gäller att en person som arrenderar mark, d.v.s. hyr marken över en längre tid, som avtalat med markägaren om att arrendatorn ska betala löpande skatter och avgifter för fastigheten också har rätt att överklaga fastighetstaxeringen. Man kan alltså säga att det inte bara är den taxerade ägaren vid en viss tidpunkt som får överklaga, utan också andra som berörs av taxeringen.
Överklagandet lämnas till Skatteverket, som skickar vidare det till Förvaltningsrätten i den domkrets där fastigheten är belägen. Överklagande ska ske inom fem år räknat från det omtvistade taxeringsåret, men fristen kan i vissa fall förlängas något.