Systemet med personliga skattekonton infördes 1998 och innebar en stor förenkling av förfarandet vid in- och utbetalning av skatt. Skattekontot samlar varje skattskyldig persons faktiska skattetransaktioner och möjliggör för skattskyldiga att när som helst via internet kontrollera hur mycket skatt som betalts in. Målet är att kontot i princip ska vara nollat, genom att överskott på skattekontot betalas ut genom skatteåterbäring och underskott åtgärdas genom tilläggsinbetalningar eller restskattekrav.
Eftersom en persons alla skatter och avgifter (t.ex. egenavgifter, moms, preliminärskatt, fastighetsavgift, punktskatter m.m.) hanteras på ett och samma skattekonto finns ingen möjlighet att välja att vissa skatter ska prioriteras framför andra. Det finns med andra ord ingen avräkningsordning mellan olika skatter på skattekontot, och därför måste man se till att inbetalningarna täcker samtliga skatter som ska debiteras.
Alla fysiska och juridiska personer som är skyldiga att betala skatt i Sverige tilldelas ett skattekonto. Olika kategorier av skattskyldiga har dock olika stor praktisk kontakt med skattekontot i vardagen. För anställda aktualiseras skattekontot i princip en gång om året, i samband med deklarationen/slutskattebeskedet. Den preliminära A-skatt som arbetsgivaren drar på den anställdes löneinkomster kommer att synas på skattekontot genom att arbetsgivaren redovisar avdragen skatt till Skatteverket genom att skicka in kontrolluppgifter.
Personer som är enskilda näringsidkare och/eller arbetsgivare sköter själva inbetalningar av preliminär inkomstskatt, moms och egenavgifter till skattekontot varje månad, kvartal eller årsvis, beroende på vilka debiteringsperioder som valts i samband med att personen registrerade sig för F-skattsedel. På skattekontot går det också att se framtida debiteringar med förfallodagar. Vet man med sig att man kommer att ha större inkomster än man angav vid F-skatteregistreringen ska man anmäla ändrade förhållanden till Skatteverket. När Skatteverket har fattat ett nytt beslut kommer detta att synas genom att storleken på de framtida debiteringarna på skattekontot justeras.
Liksom för vanliga bankkonton kan den skattskyldige få hemskickat kontoutdrag som visar förändringar på skattekontot sedan den senaste avstämningen. En avstämning sker varje månad och kontoutdraget kan oftast bara nås digitalt. Fysiska kontoutdrag skickas bara ut vid viktigare förändringar som betalningskrav, besked om och utbetalning av slutlig skatt eller om ett skattekrav överlämnats till Kronofogdemyndigheten.
Om slutskattebeskedet visar ett överskott kommer detta att betalas tillbaka som skatteåterbäring. Om det gäller ett belopp som understiger 2000 kronor ska man dock anmäla vilket bankkonto man vill ha pengarna utbetalda till för att pengarna ska kunna betalas ut automatiskt. I vissa situationer måste dock den skattskyldige själv begära utbetalning. Detta gäller t.ex. näringsidkare som begär återbetalning av betald punktskatt.
Om man av någon anledning vill att en viss summa inte ska betalas tillbaka, utan istället ska kvarstå på skattekontot, kan man begära att få en utbetalningsspärr på det aktuella beloppet. Överskjutande medel kommer då att betalas ut i vanlig ordning. Anledningar till att man vill ha en utbetalningsspärr kan vara att man gjort en förtida inbetalning av skatt som avser nästa beskattningsår. Detta kan vara fallet om en person säljer sin bostad strax innan deklarationen 2012 och genast betalar in kapitalvinstskatten till skattekontot. Eftersom kapitalvinsten inte ska tas upp förrän i deklarationen 2013 kommer den förtida inbetalningen att studsa tillbaka genom skatteåterbäring samma år, om personen inte i samband med inbetalningen begär en utbetalningsspärr för beloppet. Ett alternativ till utbetalningsspärr är att göra en så kallad tilläggsdebitering, vilket används av företagare med F- eller SA-skatt som betalat för litet skatt under beskattningsåret och som vill täcka upp för detta innan slutskattebeskedet kommer. Tilläggsdebiteringar ska därför göras under perioden januari till juni året efter beskattningsåret.
Ränta utgår på saldot på skattekontot. Finns ett överskott påförs en intäktsränta och vid underskott påförs kostnadsränta. Av praktiska skäl är kostnadsräntan på skattekontot till skillnad från vanliga räntor inte är avdragsgill. På samma sätt är intäktsräntan skattefri.