Om värdet av stiftelsens tillgångar understiger summan av stiftelsens tillgångar ska förvaltaren eller styrelsen upprätta en kontrollbalansräkning, vilket ska ske så fort detta är möjligt. Regeln gäller primärt för stiftelser som bedriver näringsverksamhet eller vid utmätning till följd av en betalningsskyldighet. Om kontrollbalansräkningen visar att stiftelsens tillgångar inte längre täcker dess skulder ska stiftelsen träda i likvidation. Detta görs genom att stiftelsen ansöker hos tingsrätten om att försättas i likvidation. När detta gjorts ska tingsrätten snarast skicka ut kallelse stiftelsen och dess borgenärer som vill yttra sig att infinna sig på den dag då skyldighet för stiftelsen att träda i likvidation ska prövas.
Vid beräkningen av tillgångarna ska det värde som de skulle inbringa vid en försäljning vid normala förhållanden, med avdrag för försäljningskostnaderna, tas upp. Detta innebär att fastigheter och byggnader inte ska tas upp till sitt taxeringsvärde, utan istället sitt marknadsvärde. För anläggningstillgångar gäller att de tas upp till det bokförda värdet, d.v.s. anskaffningsvärdet minus normala avskrivningar, såvitt detta värde är högre än vad som tillgångarna skulle inbringa vid en försäljning.
Om förvaltaren eller styrelsen fått kännedom om de ekonomiska förhållandena och underlåter att upprätta kontrollbalansräkning eller ansöka om likvidation, svarar de solidariskt för de skulder som stiftelsen ådrar sig efter den tidpunkten. Det samma gäller om de borde insett den ekonomiska situationen i stiftelsen. Även den som fått kännedom om att en kontrollbalansräkning borde upprättats, och att detta inte skett, och som handlar å stiftelsens vägnar svarar solidariskt för de skulder som stiftelsen ådrar sig. Om underlåtelsen att upprätta kontrollbalansräkning inte beror på försummelse undgår dock förvaltaren, eller annan jämförlig person, ansvar. Om ansökan om likvidation är under domstolsprövning får förvaltare eller annan person agera för stiftelsens räkning om de först inhämtat tillstånd från tillsynsmyndigheten. Tillsynsmyndigheten är i regel det länsstyrelsen där styrelsen eller förvaltaren har sitt säte.
Processen
Domstolen ska försätta stiftelsen i likvidation såvitt det under handläggningstiden inte framkommer att stiftelsens tillgångar överstiger summan av dess skulder. Sådant intyg ska vara granskat av en auktoriserad revisor och godkänd av tillsynsmyndigheten. Domstolen är dem som utser en likvidator, d.v.s. den person som ska ombesörja likvidationen och se till att stiftelsens tillgångar säljs och att borgenärerna betalas. Likvidatorn träder då in i förvaltarens ställe. Likvidatorn har alltid rätt till ett skäligt arvode, och detta anspråk går före övriga borgenärers. Under likvidationsprocessen är stiftelsen bokföringsskyldig och det är likvidatorns uppgift att se till att bokföring förs. Stiftelsens revisor bibehåller däremot sitt uppdrag under processen. Revisorn har under likvidationen i uppdrag att rapportera om denne anser att likvidationen onödigt fördröjs.
När likvidation skett
Förvaltaren ska upprätta en redovisning som överlämnas till stiftelsens revisor. När stiftelsen väl trätt i likvidation ska likvidatorn så fort det är möjligt omvandla stiftelsens tillgångar till pengar och kalla borgenärerna att anmäla sig. När anmälningstiden löpt ut ska skulderna betalas. Om det finns pengar över ska dessa användas på ett ändamålsenligt sätt utifrån stiftelsens syfte. Om detta är inte är möjligt lämnas eventuellt överskott till Allmänna arvsfonden. När likvidatorn är färdig ska denne upprätta en rapport, en s.k. förvaltningsberättelse om hur likvidationen gått till och överlämna denna till revisorerna. Revisorerna ska sedan lämna en revisionsberättelse och en slutgiltig förvaltningsberättelse till likvidatorn som denne sedan ska sända en kopia på till tillsynsmyndigheten. När detta skett är stiftelsen upplöst.
För det fall att likvidation sker till följd av en konkurs ser processen i stort likadan ut. I andra fall sker likvidation när stiftelsens tillgångar är förbrukade.