Förvaltningen av en stiftelse kan ske på två olika sätt. Den vanligaste varianten är att en styrelse utses. Detta kallas för egen förvaltning. Styrelsen ansvarar för skötseln och den löpande förvaltningen, utifrån stiftelsens förutbestämda ändamål. Styrelsen ansvarar för att förvaltningen sker på ett lämpligt sätt och utser i vissa fall stiftelsens revisor under de förutsättningar som finns angivna i lag. I stiftelseförordnandet framkommer hur styrelsen utses och hur många ledamöter och suppleanter som ska ingå i styrelsen. Stiftelseförordnandet anger även syftet med stiftelsen, vilket styrelsen har att rätta sig efter, samt hur styrelsen ska arbeta och förvaltningen av stiftelsens kapital ska ske. Stiftelseförordnandet utgör så att säga styrelsens styrinstrument. Styrelsen har dock ett operationellt spelutrymme för att kunna fatta de beslut som är nödvändiga för driften av styrelsen och för att målen ska uppfyllas.
Det andra sättet på vilken en styrelse kan förvaltas är genom en särskild förvaltare. Detta kallas för anknuten förvaltning och innebär att förvaltaren företräder stiftelsen och har rätt att teckna dess firma. Vem förvaltaren ska vara bör framgå ur stiftelseförordnandet. Oftast är det en bank, ett universitet, en ideell förening eller liknande som är utsedd till förvaltare. Förvaltaren är ansvarig för stiftelsens angelägenheter och kan i vissa fall bli ansvarig för de skulder som uppkommer. Förvaltare och styrelseledamöter agerar under skadeståndsansvar då företräder stiftelsen.
En stiftelse som står under egen förvaltning står under tillsyn av den länsstyrelse som är tillsynsmyndighet i det län där stiftelsen har sitt säte eller, i det fall styrelsen inte har ett fast säte, där förvaltningen i huvudsak utövas. Om styrelsen har ett kansli eller ett fast kontor anses det vara stiftelsens säte. Det är regeringen som meddelar föreskrifter om vilken länsstyrelse som är tillsynsmyndighet.
Tillsynsmyndigheten ska ingripa om stiftelsen inte uppfyller de riktlinjer eller målsättningar som angivits i stiftelseförordnandet eller om stiftelsen bryter mot lagen, eller i det fall då en styrelseledamot bryter mot sitt uppdrag. Tillsynsmyndigheten har också i uppdrag att lämna upplysningar och råd till stiftelserna. Tillsynsmyndigheten har bland annat befogenhet att skilja en styrelseledamot från sitt uppdrag, begära in upplysningar från stiftelsen eller utföra inspektioner om tillsynsmyndigheten finner detta nödvändigt. För att utföra inspektion krävs dock att det föreligger särskilda skäl.
Om en styrelseledamot skulle missköta sig kan en allmän domstol också skilja ledamoten från sitt uppdrag efter ansökan från stiftaren, förvaltaren, annan styrelseledamot, den som stiftelsens ändamål ska främja eller tillsynsmyndigheten. I vissa fall kan det även framgå av stiftelseförordnandet att viss person har rätt att föra sådan talan.
Om stiftelsen skulle sakna förvaltare åligger det tillsynsmyndigheten att utse ny sådan, om stiftelsen har anknuten förvaltare. Om stiftelsen har egen förvaltning ska tillsynsmyndigheten förordna ny styrelseledamot eller styrelseordförande i den mån detta behövs. Tillsynsmyndighetens beslut kan överklagas till förvaltningsdomstolen. Beslut att väcka talan mot styrelseledamot kan inte överklagas. Om en tillsynsmyndighets beslut överklagas för tillsynsmyndigheten talan för det allmänna.