Specialdomstolarna handlägger vissa typer av mål, till skillnad från de allmänna domstolarna som i princip handlägger alla typer av mål. Motivet till att ha specialdomstolar är att vissa ärenden anses kräva viss specialistkompetens. Specialdomstolarna består av både juristdomare och experter. Några av dem är fristående domstolar, medan andra är en del av andra domstolar som har speciell kompetens på området.
I Sverige finns det fyra fristående specialdomstolar:
Arbetsdomstolen
Marknadsdomstolen
Patentbesvärsrätten
Försvarsunderrättelsedomstolen
Arbetsdomstolen är den enda behöriga domstolen för att handlägga tvister om kollektivavtal och arbetstvister mellan organiserade parter, som fackföreningar och arbetsgivarföreningar. Andra arbetstvister, som t.ex. rör en arbetstagare som inte är fackansluten, handläggs i första instans av tingsrätten. Tingsrättens beslut i arbetstvister kan överklagas till Arbetsdomstolen, vars beslut inte kan överklagas. Arbetsdomstolen består av juristdomare och representanter för fackföreningar och arbetsgivarföreningar. Det finns bara en Arbetsdomstol i Sverige.
Marknadsdomstolen är den enda behöriga domstolen att pröva tvister om otillbörlig marknadsföring, otillbörliga avtalsvillkor och offentlig upphandling. Det är bara näringsidkare och Konsumentombudsmannen som kan föra talan inför Marknadsdomstolen, vars beslut inte kan överklagas. Domstolen består av juristdomare och ledamöter som företräder konsumenter, företagare och löntagare.
Patentbesvärsrätten är ensamt behörig att överpröva Patent- och Revisionsverkets beslut om parent, varumärken, mönster och namn. Dess beslut kan överklagas till Högsta förvaltningsdomstolen. Försvarsunderrättelsedomstolen inrättades 2009 och prövar frågor om tillstånd till signalspaning i försvarets underrättelseverksamhet. Domstolen består av domare, experter på området samt ett integritetsombud som ska bevaka enskildas integritetsintresse.
Förutom dessa specialdomstolar är vissa tingsrätter utsedda att verka som specialdomstolar i vissa ärenden. Domarna har i sådana fall hjälp av experter.
Miljödomstolar
Fastighetsdomstolar
Sjörättsdomstolar
Tryckfrihetsdomstolar
Miljödomstolarna består av fem tingsrätter som har utsetts för att besluta om frågor om hälsoskydd, naturvård och skadeståndsfrågor med miljöanknytning. Rätten består av juristdomare och sakkunniga ledamöter. Dess beslut kan överklagas till Miljööverdomstolen som är en del av Svea Hovrätt.
Fastighetsdomstolarna består av en tingsrätt i varje län som handlägger mål om fastighetsbildning, expropriation och tomträtt. Sjörättsdomstolarna består av fem tingsrätter runt om i landet, som handlägger tvistemål och brottmål enligt sjölagen. Tryckfrihetsmål och mål om yttrandefrihet handläggs av tingsrätten där den ansvarige utgivaren bor. Det är det enda tillfället i Sverige där ansvarsfrågan bedöms av en jury.
Justitiedepartementet är ansvarigt för domstolarnas organisation. Domstolarnas förvaltning sköts av Domstolsverket. Specialdomstolarna är självständiga i bemärkelsen att ingen myndighet får lägga sig i hur de dömer i de enskilda fallen. Varken Justitiedepartementet eller Domstolsverket får därför ingripa i enskilda domstolsärenden.
Om en part anser att domstolen har handlagt ett mål felaktigt kan han eller hon anmäla detta till Justitieombudsmannen (JO). Dessutom kan en part göra en anmälan till Justitiekanslern (JK) om han eller hon anser att de har lidit skada på grund av felaktig handläggning, som t.ex. en oskäligt lång handläggningstid.