Under det senaste decenniet har systemet med fordonsskatt använts som ett instrument för att uppmuntra konsumenter och företag att köpa fler fordon som drivs med förnybara bränslen. Miljöfaktorer fungerar som ett styrinstrument både vid den ordinarie beräkningen av fordonsskatten och genom en särskild femårig skattebefrielse för nya miljöbilar. Systemet med femårig skattebefrielse ersatte det tidigare gällande systemet med miljöbilspremier. Parallellt med fordonsskatten används exempelvis skattsatser på drivmedel, vägtrafikavgifter och trängselavgifter för att försöka reducera den bilburna marknadens miljöpåverkan.
Både vid beräkningen av den ordinarie fordonsskatten och vid en eventuell skattebefrielse spelar bilens miljöklass stor roll. Miljöklassen bestäms utifrån fordonets utsläpp av koloxid, kolväten, partiklar m.m., dock inte koldioxid (CO2), och framgår av bilens registreringsbevis. Alla bilar som tas i bruk efter 1 januari 2011 måste uppfylla kraven för någon av följande klasser:
Miljöklass El
Miljöklass Hybrid
Euro 5 eller högre.
Vid den ordinarie beräkningen av fordonsskatten bestäms skattens storlek av ett antal olika faktorer. Dessa är exempelvis fordonsslaget, vikten och antalet drivaxlar och exakt hur beräkningen går till behandlas inte närmare här. Miljöfaktorer får stort genomslag på fordonsskattens nivå, genom att koldioxidutsläpp och valet av drivmedel beaktas.
Generellt kan man säga att fordonsskatten antingen är viktbaserad eller koldioxidbaserad. Det äldre, viktbaserade systemet används för de fordon som inte omfattas av de nya reglerna om koldioxidbaserad fordonsskatt. Koldioxidbaserad fordonsskatt gäller för personbilar (klass I) som är nyare än 2006, nya lätta lastbilar, bussar och husbilar på max 3500 kg, samt äldre miljöbilar av miljöklass el, hybrid eller euro 5. Den CO2-baserade skatten består av en fast del i form av ett årsbelopp och en rörlig del i form av en kostnad per gram koldioxid som fordonet släpper ut vid blandad körning. För fordon som drivs med etanol eller biogas är den rörliga delen av skatten halverad. Om bilen dessutom skulle vara utrustad med dieselmotor tillkommer istället ett miljötillägg.
Fordon som uppfyller lagens krav och som tas i bruk i Sverige från den 1 juli 2009 är numera befriade från fordonsskatt de första fem åren, räknat från tidpunkten då fordonet började användas i Sverige. Skattebefrielsen är knuten till det aktuella fordonet och inte till den registrerade ägaren, vilket innebär att en bil som säljs innan de fem åren hunnit löpa ut fortfarande är skattebefriad i den nya ägarens hand. Skattebefrielsen gäller både privatbilar och kommersiella fordon som t.ex. ett åkeris lastbilar.
För att fordonet ska belönas med den femåriga skattebefrielsen krävs att vissa tekniska krav är uppfyllda. Fordonet måste för det första vara av miljöklass el eller euro 5 eller 6. De europeiska miljöklasserna euro 1-4 har alltså inte ansetts tillräckliga för svensk skattebefrielse. För det andra ska det aktuella fordonet uppfylla vissa ytterligare krav. Fordon som drivs med så kallade alternativa bränslen (t.ex. etanol, biogas, el eller rapsolja) har i vissa fall speciella krav, exempelvis får en elbil inte dra mer än 37 kilowattimmar på 10 mil. För hybridbilar och fordon som går på bensin gäller på samma sätt ett krav på att koldioxidutsläppen inte överstiger 120 g per kilometer vid blandad körning. Exakt vilka gränser som gäller vid varje tidpunkt kan man få reda på av Transportstyrelsen, eftersom de tekniska kraven ofta justeras. För automatväxlade bilar, som generellt drar mer bränsle än bilar med manuell växellåda, finns ett undantag från de tekniska kraven genom att man istället för att se på de faktiska värdena använder ett motsvarande fordon med manuell växellåda som referens. Det krävs dock att det bara är automatväxlingen som skiljer, och att det är fråga om en privatbil som går på alternativa bränslen.
Om fordonet skulle förändras, exempelvis genom att en elmotor byts ut mot en dieselmotor eller genom att man reparerar avgassystemet med en ur miljösynpunkt sämre förgasare, så ska skattebefrielsen upphöra om förändringarna leder till att de tekniska kraven inte längre är uppfyllda.
I samband med att fordonsskatten beräknas ska Transportstyrelsen själv undersöka huruvida fordonet är en sådan miljöbil som har rätt till en femårig befrielse från fordonsskatt. Det är fråga om en enkel prövning utifrån de uppgifter om fordonet som finns i vägtrafikregistret. Någon särskild anmälan behöver man därför inte göra som fordonsägare.