De slutliga egenavgifternas storlek bestäms i relation till överskottet av näringsverksamheten före skatt, det så kallade avgiftsunderlaget. Det exakta underlaget framgår först av slutskattebeskedet, eftersom det är då Skatteverket fastställt den slutliga taxerade inkomsten. Avgiftsunderlaget kan justeras ned med 5 % genom ett särskilt yrkande i samband med deklarationen. Ett sådant avdrag får uppgå till högst 10 000 kr per år och får bara göras om årsinkomsten av aktiv näringsverksamhet överstiger 40 000 kr och om personen som yrkar avdraget är mellan 26 och 65 år och inte redan har reducerade egenavgifter enligt andra regler. Denna avdragsmöjlighet syftar till att stimulera de allra minsta företagen och det finns ett antal ytterligare kriterier som måste vara uppfyllda, av mer teknisk natur.
Egenavgifterna bestäms sedan till en viss procentsats av avgiftsunderlaget. Procentsatsen fastställs för ett år i sänder, och för 2012 är det 29,71 %. Det finns dock ett flertal situationer då en reducerad procentsats tas ut. Skälen bakom nedsättningarna är ofta arbetsmarknads- eller regionalpolitiska. Sänkta egenavgifter används för att stimulera särskilda delar av näringslivet, t.ex. i glesbygden. Vissa nedsättningar syftar istället till att åstadkomma större överensstämmelse mellan egenavgifterna och socialförsäkringssystemet. Näringsinkomster som inte grundar någon rätt till sociala förmåner ska därför inte heller beläggas med egenavgifter.
De viktigaste situationerna där procentsatsen sätts ned är följande:
En företagare har ansökt om fler karensdagar i sjukförsäkringen
Nedsatt avgift för unga, under 26 år
Nedsatt avgift för företag i områden som räknas som regionala stödområden
Nedsatt avgift för personer över 65 år m.fl.
Egenavgifterna kan alltså reduceras genom att man som företagare väljer att ha fler karensdagar i sjukförsäkringen. Detta beror på att fler karensdagar medför att sjukförsäkringsavgiften, som är en av avgifterna som ingår i egenavgifterna, minskas. Skatteverket tar varje år fram tabeller som visar hur stor reduceringen blir i förhållande till antingen 14, 30, 60 eller 90 karensdagar. Denna valmöjlighet gäller bara inkomster upp till 7,5 gånger prisbasbeloppet, d.v.s. upp till ca 315 000 kr. På överstigande inkomster tillämpas en fast sjukförsäkringsavgift. Vill man som företagare ändra antalet karensdagar i utbyte mot lägre egenavgifter kontaktar man Försäkringskassan.
För personer som inte fyllt 26 när året börjar gäller en nedsättning av egenavgifterna till ungefär hälften. Ålderspensionsavgiften får inte reduceras, men för resterande avgifter görs en nedsättning på ¾. Lägre egenavgifter för unga hänger ihop med den motsvarande nedsättningen av arbetsgivaravgifterna som gäller för den som anställer personer under 26 år, som syftar till att göra företag mer intresserade av att anställa unga.
Egenavgifterna kan även nedsättas för den som driver näringsverksamhet i områden som klassats som regionala stödområden. Områdena är lokaliserade i delar av Norrland och i norra Svealand och en ortsförteckning finns hos Skatteverket. Det krävs att företaget är representerat på orten genom ett lokalt driftställe, men verksamheten får inte bestå i jordbruk, fiske och liknande näringar. Syftet med nedsättningen för regionala stödområden är att främja glesbygdens näringsliv och regional utveckling.
Nedsättningen för stödområden minskar inte någon av de specifika avgifterna utan innebär en generell minskning av de totala egenavgifterna genom att det sammanlagda beloppet av egenavgifter (och ev. särskild löneskatt) minskas med 10 % av avgiftsunderlaget, d.v.s. den inkomst egenavgifterna beräknas på. Vissa begränsningar finns dock för nedsättningens storlek. Ålderspensionsavgiften på ca 10 % ska exempelvis alltid betalas. För företag utan anställda gäller att maximalt 18 000 kr får dras av med hjälp av dessa regler. Företag som dessutom anställer och sysselsätter personal kan maximalt göra ett årligt avdrag på 82 500 kr för egenavgifter och arbetsgivaravgifter. Samma beloppsgräns gäller för det sammanlagda avdraget för alla delägare i ett handelsbolag. Eftersom avdraget sker mot det belopp som fastställts för egenavgifterna kan de ovan nämnda reduceringsreglerna användas innan det regionala stödavdraget.
Vissa grupper betalar bara ålderspensionsavgiften i egenavgifterna, som ligger på ca 10 %. Detta gäller t.ex. de som är födda mellan åren 1938 och 1946, men även de som haft ålderspension eller sjuk- eller aktivitetsersättning under det föregående året. De som är födda 1937 eller tidigare betalar inga egenavgifter.