För egenföretagare är egenavgifterna avdragsgilla mot överskott i inkomstslaget näringsverksamhet. Avdraget görs vid deklarationen genom ett schablonavdrag, eftersom det slutliga beloppet för egenavgifterna inte har hunnit fastställas vid deklarationstillfället. Schablonavdraget ska så långt som möjligt överensstämma med den slutliga skatten och därför används följande belopp:
Huvudregeln är att schablonbeloppet är högst 25 %.
Personer under 26 år har nedsatta egenavgifter och använder därför ett schablonavdrag på högst 14 %.
Personer födda mellan 1938 och 1945 använder ett schablonavdrag på högst 10 %.
Personer födda 1937 eller tidigare betalar inga egenavgifter och kan därför inte heller göra något avdrag.
Personer som driver passiv näringsverksamhet gör ett schablonavdrag för särskild löneskatt med högst 20 %.
Skulle det inte finnas några inkomster att dra av egenavgifterna mot, exempelvis om företaget nyss har avslutats, kan avdrag ske genom ett så kallat allmänt avdrag. Allmänna avdrag görs mot den sammanräknade förvärvsinkomsten, d.v.s. även mot tjänsteinkomster.
Under inkomståret betalas preliminära egenavgifter enligt Skatteverkets beslut. Eftersom egenavgifterna är avdragsgilla ligger det i företagarens intresse att kunna använda avdragsrätten redan i samband med att inkomsterna deklareras året därpå, p.g.a. att den totala inkomsten, och därmed skatten, minskas avsevärt. Detta gäller särskilt för personer som har höga inkomster av näringsverksamhet ett år, men kanske mycket låga eller inga alls det följande året. Hade egenavgifterna inte kunnat dras av förrän det andra året hade det kanske inte funnits några inkomster att dra av egenavgifterna mot. I en sådan situation hade avdragsrätten kunnat gå förlorad.
Problemet är att det slutliga underlaget för egenavgifterna kan fastställas först efter att deklarationen är gjord, nämligen i samband med taxeringen (slutskattebeskedet). Det slutliga egenavgiftsbeloppet beräknas på rörelsens överskott minus egenavgifterna, för att undvika en avgift-på-avgift-effekt. Med andra ord kan man vid avdragstillfället (deklarationen) inte känna till exakt hur stort det slutliga avdraget kommer att bli. Lösningen är att man använder en schablonmetod för att få fram ett ungefärligt belopp som kan dras av vid deklarationen, och sedan görs en avstämning vid nästa års deklaration där man tar upp mellanskillnaden mellan schablonavdraget och det slutliga beloppet. Det sagda illustreras förmodligen enklast med ett exempel:
Eva driver en liten frisörsalong i Simrishamn. Vid deklarationen 2012 räknar Eva fram rörelsens totala överskott för 2011, vilket uppgår till 300 000 kr. Sjukpenningen som hon fick under veckan hon var sjuk i höstas ska inte ingå i rörelsens överskott. Eva gör följande:
1. Eva yrkar schablonavdrag för 2011 års egenavgifter i deklarationen 2012. Schablonavdraget beräknas på siffran 300 000 kr och blir därför 300 000 x 0,25 = 75 000 kr. Hur mycket Eva faktiskt har inbetalat under året har ingen betydelse i detta sammanhang, eftersom den siffran grundade sig på en preliminär beräkning av överskottet.
2. Detta resulterar i att det skattemässiga överskottet av Evas rörelse blir 300 000 75 000 = 225 000 kr. På detta belopp betalas F-skatt som vanligt.
3. Några månader senare får Eva rörelsens slutskattebesked för 2011. I det framgår bland annat att underlaget för egenavgifter har fastställts till 66 000 kr, d.v.s. 29,71 % av 225 000. Schablonavdraget var alltså lite för stort, men detta justeras lätt vid nästa deklaration genom att mellanskillnaden tas upp och läggs till nästa års överskott.
4. Under 2012 blir Evas överskott 325 000 kr. I deklarationen 2013 yrkar hon på schablonavdrag för årets egenavgifter. Det nya schablonavdraget kommer att beräknas på:
a. Årets överskott.
b. Plus det schablonavdrag som hon gjorde förra året.
c. Minus det slutliga underlaget vid taxeringen.
Schablonbeloppet blir alltså 25 % x (325 000 + 75 000 66 000) = 83 500. Evas överskott för 2012 blir därför 325 000 83 500 = 241 500 kr.
5. Upprepa sedan punkterna 2-5 för följande år.
I verkligheten är oftast fler variabler involverade än i exemplet med Eva. Om t.ex. Evas man Rune är medhjälpare i Evas frisörfirma och de delar upp rörelsens inkomst mellan sig får detta vissa effekter på schablonavdraget.
För personer som betalar egenavgifter för inkomster av tjänst med hjälp av SA-skatt kan egenavgifterna dras av på i stort sett samma sätt. Avdraget sker mot övriga tjänsteinkomster genom ett schablonbelopp på 25 %, som året efter återförs till beskattning.