Med jordbruksmark avses åkermark eller betesmark, såväl odlad jord som naturlig betesmark, som är taxerad som en lantbruksenhet. Regeringen får meddela föreskrifter gällande den hänsyn som jordbrukaren ska ta till kultur- och naturvärden. Regeringen har delegerat denna rätt till länsstyrelsen och Jordbruksverket, som därför är dem som har huvudansvaret för tillsynen av miljöskyddet. För vissa fall får Jordbruksverket ensamt meddela föreskrifter. Föreskrifterna får inte vara så pass ingripande att de väsentligt påverkar befintliga verksamheter. Sådana föreskrifter som regeringen, eller den myndighet som regeringen delegerat rätten till, får anta är exempelvis begränsningar av antalet djur i ett jordbruk, vilka försiktighetsåtgärder jordbrukaren måste vidta vid gödselhantering och hänsynstaganden vid växtodling. Exempelvis har föreskrifter meddelats för att skydda grundvatten från nitrater från jordbruket, vilka är en effekt av gödsel.
Föreskrifterna kan även syfta till att uppfylla de krav som ställs genom Sveriges medlemskap i EU. Regeringen har även möjligheten att meddela tillståndsplikt för att säkerställa att Sverige lever upp till sina åtaganden gentemot EU. Olika områden kan omfattas av olika föreskrifter. Den som med vilje, eller av oaktsamhet, inte följer föreskrifterna kan dömas till böter.
Även om någon uttrycklig tillståndsplikt för verksamheten inte finns kan det ändå finnas skäl för verksamhetsutövaren att söka samråd hos behörig tillsynsmyndighet. Sådant samråd ska sökas på jordbrukarens initiativ om jordbruket kan komma att påverka naturmiljön i väsentlig mening. Det finns även möjlighet för tillsynsmyndigheten att meddela en föreskrift att samråd måste sökas. Om myndigheten inte meddelar något annat får verksamheten påbörjas tidigast inom sex veckor från det att anmälan om samråd lämnats.
Om myndigheten finner att jordbruket i väsentlig mening kommer skada naturmiljön får de förelägga den anmälningsskyldige att vidta åtgärder för att avvärja faran. Om denne inte vidtar åtgärderna, eller om de åtgärder som är möjliga att vidta ändå inte avvärjer risken att skada uppstår, kan myndigheten förbjuda verksamheten. Det finns inga bestämmelser som ger jordbrukaren någon rätt till ersättning för det fall att verksamheten förbjuds.
Bestämmelsernas målsättning är att uppnå en hållbar utveckling för att nuvarande och kommande generationer ska kunna försäkras en god och hälsosam miljö. Människans rätt att bruka marken är därför förenad med en skyldighet att värna om den. Staten ska skydda naturen och se till att den används på ett socialt, ekologiskt och samhällsekonomiskt korrekt sätt. Besluten ska däremot fattas så nära jordbrukaren som möjligt, varför tillsynen i de flesta fall delegerats.
Bedömningen av vilka hänsynstaganden som den enskilde jordbrukaren bör ha i åtanke görs från fall till fall, med utgångspunkt i det specifika områdets lämplighet för verksamheten. Om samhällsintresset kan tillgodoses genom att annan mark tas i anspråk ska detta göras. Anspråk på mark i vissa områden som benämns som särskilt viktiga ställer högre krav på jordbrukaren än om denne gör anspråk på mark som inte är av samma riksintresse.