Om modern är gift med en man vid tidpunkten för barnets födelse ska denne man som utgångspunkt anses vara barnets far. Detta gäller även om modern nyligen har blivit änka och det kan antas att barnet blivit avlat innan mannen avled. Presumtionen gäller alltså inte vid äktenskap mellan två kvinnor. I de fall faderskapspresumtionen blir tillämplig ska mannen i äktenskapet anses som barnets far. Modern ska anses vara gift även om modern och mannen har för avsikt att skilja sig, men domen ännu inte blivit giltig.
Denna faderskapspresumtion kan under vissa förutsättningar hävas. Om det efter utredning visar sig att modern haft samlag med en annan man än sin make under tid då barnet kan vara avlat och domstolen med hänsyn till samtliga omständigheter finner det sannolikt den andra mannen är far till barnet ska faderskapspresumtionen inte längre gälla. Frågan om hävande av faderskapspresumtionen och frågan om fastställande av faderskapet behandlas inte sällan i samma mål. I sådana mål brukar en av männen kunna uteslutas genom en så kallad rättsgenetisk utredning, samtidigt som den andra mannen genom samma utredning fastställs vara barnets far.
En annan grund för hävande av faderskapspresumtionen är om barnets arvsanlag eller annan särskild omständighet ger anledning att anta att mannen inte är barnets far. Genom dagens teknik är utredningsmöjligheterna mycket goda. Är mannen i ett äktenskap inte biologisk far till barnet kan det nästan alltid uteslutas genom en rättsgenetisk utredning. Presumtionen ska även hävas om barnet avlats före äktenskapet eller medan makarna levt åtskilda och det inte är sannolikt att makarna haft samlag med varandra. Vid denna punkt har den rättsgenetiska utredningen inte samma betydelse som vid de ovan angivna anledningarna till att häva faderskapspresumtionen.
I de fall graviditetens längd är avgörande för huruvida en talan om faderskapspresumtion ska bifallas ska som utgångspunkt försiktighet iakttas. Mannens faderskap ska endast i uppenbara fall uteslutas på grund av den tid som förflutit från den tidpunkt då samlag mellan makarna kan ha ägt rum. Bevisbördan ligger på den som påstår att makarna inte levt tillsammans. Det räcker, enligt motiven till lagen, att makarna har levt åtskilda. Vad som egentligen menas med att makarna har levt åtskilda är egentligen något oklart. I motiven sägs det att det räcker med att makarna har bott isär under perioden då barnet kan antas vara avlat, det vill säga att makarna haft olika bostäder. Dessa bestämmelser innebär exempelvis att om någon av makarna bott utomlands på grund av arbete under den tid när barnet kan vara avlat ska faderskapspresumtionen hävas, om det inte kan göras sannolikt att makarna haft samlag vid exempelvis tillfälligt besök. Enligt kommentaren till bestämmelsen bör en uppgift om samlag bedömas som riktig redan på den grunden att det kan klarläggas att det förekommit en hemresa från utlandstjänsten eller liknande omständigheter. Vad gäller bevisbördan för att samlag har förekommit eller inte förekommit gäller med all sannolikhet att den som påstår att samlag har skett har bevisbördan för det.
Vid sådana situationer där det står klart för såväl modern som hennes make att det är en annan man som är far till barnet och denne är villig att bekräfta faderskapet finns en särskild bestämmelse. För att bekräftelsen ska vara giltig krävs emellertid socialnämndens godkännande samt att mannen i äktenskapet godkänner bekräftelsen. Utöver nyss nämnda kriterier krävs även ett skriftligt godkännande av modern. För det fall att en sådan bekräftelse kommer till stånd ska det anses fastställt att mannen i äktenskapet inte är far till barnet. Skulle någon felaktighet upptäckas i bekräftelsen bör faderskapspresumtionen återupplivas.